Lors de l'exécution de missions chez les apiculteurs, les inspecteurs et contrôleurs de l'AFSCA sont parfois secondés par des assistants apicoles. Ces assistants accompagnent les missions lorsqu'une expertise technique est requise pour ouvrir, manipuler et examiner les ruches, pour prélever des échantillons, pour détruire les colonies malades, etc.

Les assistants apicoles sont le plus souvent eux-mêmes des apiculteurs, qui ont suivi des formations spécifiques en matière de santé des abeilles. Les cours de formation annuels sont organisés par la "Fédération apicole belge" et par la "Koninklijke Vlaamse Imkersbond".