Het FAVV beschikt over een netwerk van performante laboratoria waarvan een vijftigtal externe partnerlaboratoria (privé en publiek) waaronder laboratoria die gespecialiseerd zijn in de opsporing van dierziekten. Ze erkent externe laboratoria en vertrouwt hen analyses toe voor rekening van het FAVV. Ze waakt ook over de termijnen en de prijzen van de analyses, waakt over de nauwkeurigheid en de betrouwbaarheid van de resultaten en ziet erop toe dat de analysemethodes beantwoorden aan de toepasselijke normen.