Die FASNK verfügt über ein leistungsfähiges Netzwerk an Laboratorien, das u.a. aus ungefähr fünfzig externen Partnerlaboratorien (privat und öffentlich) besteht, darunter auch im Bereich des Aufspürens von Tierkrankheiten spezialisierte Laboratorien. Die Agentur lässt externe Laboratorien zu, vertraut ihnen Analysen an, die im Auftrag der FASNK durchgeführt werden. Sie stellt ebenfalls sicher, dass die Fristen und Analysepreise eingehalten werden, sodass die gelieferten Ergebnisse präzise und zuverlässig sind und überwacht die Übereinstimmung der verwendeten Analysemethoden mit den geltenden Normen.